此時，混合液溶解氧含量正常，活性污泥性能較好、凈化功能強時，出現的原生動物主要是固著型纖毛蟲，如鐘蟲屬、累枝蟲屬、蓋蟲屬、聚縮蟲屬等，一般以鐘蟲屬居多。這類纖毛蟲以體柄分泌的黏液固著在污泥絮體上，它們的出現說明污泥凝聚沉淀。此時鏡檢還能發現輪蟲等以細菌為食的后生動物；

即活性污泥培養的初期，活性污泥的菌膠團性能和狀態尚未形成的時候，有機負荷率相對較高而DO含量較低，此時混合液中存在大量游離細菌，也就會出現大量的游泳型纖毛蟲類原生動物，比如豆形蟲、腎形蟲、草履蟲等；

混合液溶解氧不足時，可能出現的原生動物較少，主要是適應缺氧環境的扭頭蟲。

這是一種體形較大的纖毛蟲，體長40-300μm，主要以細菌為食，適應中等污染程度的水域。因此鏡檢時一旦發現原生動物以扭頭蟲居多，說明曝氣池內已出現厭氧反應，需要及時降低進水負荷和加大曝氣量等有效措施；

混合液曝氣過度或采用延時曝氣工藝時，活性污泥因氧化過度使其凝聚沉降性能變差，呈細分散狀，各種變形蟲和輪蟲會成為優勢菌種；

活性污泥分散解體時，出水變得很渾濁，這時候出現的原生動物主要是小變形蟲，如輻射變形蟲等。這些原生動物體形微小、構造簡單，以細菌為食、行動遲緩。如果發現有大量這樣的原生動物出現，就應當立即減少回流污泥量和曝氣量；

進水濃度極低時，會出現大量的游仆蟲屬、輪蟲屬等原生動物；

原生動物對外界環境的變化影響的敏感性高于細菌，沖擊負荷和有毒物質進人時，作為活性污泥中敏感性最高的原生動物——盾纖蟲的數量就會急劇減少；

活性污泥性能不好時，會出現鞭毛蟲類原生動物，一般只有波豆蟲屬和屋滴蟲屬出現，當活性污泥狀態極端惡化時，原生動物和后生動物都會消失；

在活性污泥狀況逐漸恢復時，會出現漫游蟲屬、斜管蟲屬、尖毛蟲屬等級慢游動或匍匐前進的原生動物，和曝氣池啟動階段的原生動物種類相似。